Selepas tamat pengajian, Syed Omar telah bertugas sebagai Pegawai Tadbir Negeri di dalam Perkhidmatan Awam Negeri Kedah bermula pada 12 Julai 1929. Antara jawatan lain yang pernah disandang oleh beliau semasa berkhidmat dalam Perkhidmatan Awam Kedah ialah Pegawai Daerah Kulim Bandar Baharu, Kubang Pasu , Pegawai Kastam Negeri Kedah dan Pegawai Perbendaharaan (Kewangan) Negeri Kedah. Sepanjang tempoh perkhidmatan, beliau telah dipertanggungjawabkan mengurus berbagai-bagai jurusan pentadbiran negeri Kedah. Pada 17 November 1954, beliau telah bersara daripada berkhidmat dalam Perkhidmatan Awam Kedah dan mula menceburi bidang politik.